Depuis que le code source de Quake 1 et Quake 2 sont passés sous licence GPL, de nombreuses versions modifiées ont vu le jour.
Une des plus significatives est la version commerciale de Bethesda qui est distibuée chez Steam, GoG, Epic et Microsoft.
Ces versions offrent de grandes améliorations tant au niveau graphique que gameplay mais les changements sont tellement importants que les anciesn Mods peuvent ne pas fonctionner et même les commandes de consoles ont été changées.. 

Pour Quake 1, j'ai fait une section pour les Mods compatibles mais voila ce qui est dit offciellement pour Quake 2 :

Les cartes personnalisées conçues pour les versions PC du jeu Quake II original devraient toujours fonctionner avec la version remasterisée du jeu. Nous vous recommandons d'installer les cartes personnalisées dans votre profil de parties sauvegardées dans le dossier suivant : %USERPROFILE%\Saved Games\Nightdive Studios\Quake II\baseq2\maps.

Vous devrez créer le dossier de cartes vous-même après avoir lancé le jeu pour la première fois. Nous avons également amélioré l'éditeur de navigation des bots pour permettre aux cartes personnalisées de profiter pleinement de notre nouvelle IA, par exemple en plaçant automatiquement des balises de navigation en courant simplement partout sur la carte.
Les versions PC de la version remasterisée de Quake II supportent les mods. En revanche, en raison du passage d'une version 32-bit à une version 64-bit, les mods existants ne sont plus compatibles.

Il n'est donc pas possible de faire tourner des anciens Mods sur la version Bthesda de Quake 2, vous ne trouverez donc pas de section sur votre gauche...